Malgré cela, Naruto est toujours optimiste quelles que soient les situations ce qui le rend, aux yeux de Kishimoto, unique[AB 1]. Naruto maintenant âgé de 12 ans, détient une réputation de cancre notamment pour ses très mauvais résultats à l'académie ninja et est considéré comme le pire garnement de l'académie. Mais Madara se substitua avec son ombre avant de se préciser sur Kakashi pour lui voler son Sharingan, avant de se faire trancher en deux par Sasuke avant d'entrer dans l'autre dimension. Naruto promettant de faire revenir Sasuke au village. Naruto, grâce à un multiclonage, fit semblant d'être capturé par Kyûbi avant de l'attaquer par derrière, d'attraper une de ses queues et de le renverser sur le sol. Mais Kakashi et Gaï, puisant dans leurs dernières réserves de chakra, éloignèrent respectivement Obito d'un Raikiri et Madara et son Susanô avec le Tigre du midi. Kurama et Gyûki volèrent sur plusieurs centaines de mètres avant de se relever et de balancer une pluie de Bombes du bijû sur le monstre. Naruto demanda à Dodaï à parler à Killer B et à Hachibi, et celui-ci, comme il faisait partie de l'unité du Renseignement, le mit en relation avec Inoichi Yamanaka, le chef de l'unité du Renseignement de l'Alliance, qui établit une connexion mentale entre lui et B. Hachibi lui révéla que lors de son combat face au Troisième Raikage, ils s'étaient tous les deux effondrés avec leurs techniques activées, l'Orbe des Démons à Queues et la Lame Ultime à un Doigt, ce qui lui donna une idée. They were taken straight from the … Combinant leurs efforts, les deux Naruto réussirent alors à arracher le pieu avant de le briser entre deux Rasengan. Hachibi cracha alors une vague d'encre. Quand Hinata le « rejeta » afin qu'elle puisse être avec Toneri Ôtsutsuki, Naruto tomba en grande dépression, en venant presque à renoncer à tout, jusqu'à ce que Sakura l'aide à réaliser à quel point les sentiments qu'avait Hinata pour lui étaient profond et inébranlables, et qu'elle l'avait rejeté uniquement pour avoir de meilleures chances de sauver Hanabi et arrêter Toneri. Avant de commencer leur combat Sasuke expliqua à Naruto ce que voulait dire le mot Hokage pour lui : il s'agissait de supporter le poids de la haine du monde en étant seul dans l'ombre tout comme Itachi l'avait fait durant sa vie et déclara à Naruto qu'il allait effacer le passé pour repartir sur de nouvelles bases en commençant par tuer Naruto et se débarrasser des liens qui les unissaient, puis en tuant les cinq Kage actuels et les démons à queues. Le « Multi clonage », qui permet de créer un clone consistant et identique à son utilisateur, est la technique la plus fréquemment employée par Naruto, qu'il utilise parfois sous la forme du « Multi clonage supra » (création d’un grand nombre de clones) afin de submerger l'ennemi en nombre.
Le dragon de bois tenta d'enrouler son corps autour de Kurama pour étouffer son chakra mais le démon-renard le mordit et le frappa sans relâche de ses griffes, faisant voltiger des éclats de bois brisé sur le champ de bataille. Naruto aide alors Sasuke et sa fille à secourir Sakura et à vaincre Shin et ses clones enfants, qui seront finalement accueillis à l’orphelinat dirigé par Kabuto. L'exercice fut difficile car les Bras de chakra de Kyûbi réduisaient en miettes les blocs à cause de la puissance du Mode chakra, Naruto mit quelques temps à bien doser son chakra. Hinata Hyûga, assise à côté de lui, lui proposa de copier sur elle, mais Naruto refusa de peur de disqualifier Hinata en plus de lui. Emportez vos fandoms favoris partout avec vous. Après s'être libérés de leur illusion et les avoir vaincus avec l'aide de Kabuto Yakushi, un redoublant à l'examen, l'équipe s'empara de leur rouleau et passa l'épreuve. Naruto expliqua que les liens qu'ils avaient créés étaient indestructibles et qu'il comptait bien les protéger.
Allongé sur le sol, il tenta de transpercer Naruto avec l’Épée de Kusanagi mais le manteau de Kyûbi le protégea. Naruto, chutant vers le sol, fit appel à Gaara qui, faisant apparaître un nuage de sable sous ses pieds, lui fournit un appui pour se propulser à nouveau vers Mû à l'aide d'un Bras de chakra. Alors que Shikamaru blâmait Naruto de vouloir tout régler tout seul, Naruto l'écarta et se dirigea vers Ichiraku. Naruto grandi en aimant Hinata inconsciemment. De retour aux Chutes de la Vérité, Naruto fut de nouveau confronté au Naruto sombre.